Alle leden vormen samen de Vereniging van Waterbouwers. De Algemene Ledenvergadering (ALV) is het hoogste orgaan en is verantwoordelijk voor het vaststellen van de begroting en de jaarrekening en het benoemen van bestuursleden.
Het bestuur wordt samengesteld uit vertegenwoordigers van de leden aannemers. De 5 bestuursleden vertegenwoordigen ieder een deel van de achterban.